La EMT es una técnica segura pero algunos pacientes pueden experimentar efectos adversos tras su aplicación, que se consideran leves y pasajeros, tales como dolores a nivel cefálico y/o cervical, y que, en la infrecuente situación de persistencia, se mitigan mediante la toma de analgésicos convencionales.
El riesgo de presentar crisis epilépticas durante la EMTr es muy bajo y no se ha demostrado que la EMTr incremente el riesgo de desarrollar crisis epilépticas en pacientes epilépticos conocidos y controlados adecuadamente con tratamiento antiepiléptico, una vez finalizada la sesión de estimulación;
el riesgo de desarrollar otros eventos adversos es en estos pacientes similar al inherente a la aplicación de la EMTr en otras condiciones en sujetos sanos.
La FDA ha identificado los riesgos leves y pasajeros asociados a la administración de TMS
Convulsión
Molestias en el cuero cabelludo, quemaduras en el cuero cabelludo u otros efectos adversos
Efectos de campos magnéticos en el funcionamiento de otros dispositivos médicos
Reacción tisular adversa
Peligros asociados con equipos eléctricos
Peligros causados por interferencias electromagnéticas y descargas electrostáticas
Pérdida de la audición.