Las principales contraindicaciones relativas para la EMT son: Mujeres en período de gestación y niños menores de 2 años.
En cuanto a las absolutas se encuentran: Pacientes con epilepsia no controlada y enfermos con dispositivos electrónicos corporales.
La EMT es una técnica segura pero algunos pacientes pueden experimentar efectos adversos tras su aplicación, que se consideran leves y pasajeros, tales como dolores a nivel cefálico y/o cervical.
El riesgo de presentar crisis epilépticas durante la EMT es muy bajo y no se ha demostrado que la EMT incremente el riesgo de desarrollar crisis epilépticas en pacientes epilépticos conocidos y controlados adecuadamente con tratamiento antiepiléptico.
La FDA ha identificado los riesgos leves y pasajeros asociados a la administración de TMS: Convulsión, Molestias en el cuero cabelludo, quemaduras en el cuero cabelludo u otros efectos adversos, Efectos de campos magnéticos en el funcionamiento de otros dispositivos médicos, Reacción tisular adversa, Peligros asociados con equipos eléctricos, Peligros causados por interferencias electromagnéticas y descargas electrostáticas, Pérdida de la audición.
Se han identificado medidas de atenuación a los riesgos presentados: pruebas clínicas, análisis y pruebas no clínicas, verificación de ciclo de software y gestión de riesgos, seguridad en equipos eléctricos.